In der Zeit nach dem zweiten Weltkrieg begann eine Phase eifriger Sammeltätigkeit sowohl in Österreich, als auch am Balkan
und im Nahen Osten. K. Bauer entdeckte eine neue Fledermausart (Plecotus austriacus) und fand für Österreich neue Arten, darunter
den Steppeniltis und die Balkan-Kurzohrmaus. Aus großteils von biospeläologisch interessierten Amateuren in Höhlen aufgesammeltem
Schädelmaterial wies er das frühere Vorkommen der Teichfledermaus in unserem Lande nach. 1960 publizierte er ein umfassende
Studie über die Säugetierfauna des Neusiedlersee-Gebiets, Burgenland. Die Erforschung der Säugetierfauna Österreichs blieb
auch später ein wichtiger Arbeitsschwerpunkt. Die Mitarbeiter der Säugetiersammlung, vor allem B. Herzig-Straschil, wiesen
in säugetierkundlich bisher so gut wie unbekannten Teilen der Alpen die Alpenwaldmaus, die Schabrackenspitzmaus und die Bayerische
Kurzohrmaus nach. F. Spitzenberger führte - meist gemeinsam mit dem früheren Sammlungsmitarbeiter Anton Mayer - in großen
Teilen Österreichs flächendeckende Erhebungen der Sommerverbreitung gebäudebewohnender Fledermäuse durch.
Als Ergebnis dieser intensiven Sammeltätigkeit wurden 23 Monographien österreichischer Säugetiere ("Mammalia austriaca") als
Bausteine für die „Säugetierfauna Österreichs“ (F. Spitzenberger, Graz, 895 pp.) publiziert. Dieses umfassende Werk erschien
2002 und enthält detaillierte Beschreibungen und Karten der holozänen geographischen Verbreitung und Höhenverbreitung der
102 in Österreich vorkommenden Säugetiere.